L’11 novembre 1808, a Carlo Bossi, di Borgo Canale in Bergamo, fu pagato un acconto di 830 lire per la realizzazione di un organo nella nostra chiesa parrocchiale. Seguirono altre nove rate per la ragguardevole spesa totale di 5999,8 lire saldata il 30 novembre 1815. La contemporanea costruzione delle cantorie ad opera del falegname Carlo Pelizoni di Ponte San Pietro per l’ammontare di 1475 lire, registrata in data 24 marzo 1809, fa supporre che precedentemente non ci fosse un organo nel presbiterio né in “cornu Evangelii” dove si trova attualmente (cioè sul lato sinistro guardando l’altare) né in “cornu Epistolæ” (sul lato opposto);durante l’ultimo restauro del 2010-2013
su una cantoria è stata trovata impressa la data 1887 che tuttavia si riferisce al restauro generale della chiesa affidato al pittore Luigi Folatelli. Sono quindi passati circa due secoli dalla prima fabbricazione di questo organo che, dopo una ricostruzione quasi integrale e diversi restauri, è ancora al suo posto a testimoniare il continuo interesse di parroci e parrocchiani per la musica sacra. Ad ulteriore conferma di questo particolare interesse, a partire dalla costruzione dello strumento ed almeno fino primi decenni del XX secolo, in archivio si trovano le ricevute con le quali venivano stipendiati annualmente un organista ed un levamantici. La scelta del costruttore non fu casuale; nel 1708 la parrocchia aveva affidato a Gabriele Bossi (antenato di Carlo e capostipite dell’omonima dinastia organara) la costruzione dell’organo di s. Lorenzo a Castelletto, ancora esistente anche se irrimediabilmente danneggiato; lo stesso Carlo sarà poi chiamato nel 1818 a costruire anche l’organo del santuario dell’Annunciata a Piazza Amata, andato successivamente distrutto, come risulta dal contratto ancora rintracciabile in archivio; pertanto, i Bossi erano gli organari di fiducia della parrocchia. Non è dato sapere come fosse in origine l’organo della parrocchiale; in archivio non si trovano né il contratto, né il progetto, né il verbale di collaudo. E’ certo che la sua storia fu subito travagliata, tanto che già nel 1824 si dovette intervenire con un’importante riparazione alla quale ne seguì un’altra non meno rilevante tra il 1839 ed il 1840. Probabilmente preoccupati per i continui esborsi, i fabbriceri ne commissionarono la quasi completa ricostruzione alla ditta Giovanni Giudici e C., come testimoniato dal progetto steso dall’organista Elia Moroni, datato 21 marzo 1854, comprendente un organo di 8 piedi reali con principale di 16 piedi ed un organo eco di 8 piedi (un piede corrisponde a 324,84 millimetri e si indica con un apice). 
Il 29 agosto 2008, nel contesto del restauro generale dell’aula ecclesiale della chiesa parrocchiale, l’organaro Pietro Corna presentò un progetto di recupero filologico dell’organo. L’autorizzazione venne rilasciata dalla Direzione Regionale dei Beni Culturali della Lombardia il 17 novembre 2008. Lo smontaggio dello strumento ed il relativo trasferimento in laboratorio avvenne a partire dall’11 maggio 2010; la ricollocazione fu completata poco prima della benedizione avvenuta il 14 marzo 2014 e del concerto di inaugurazione del maestro Giancarlo Parodi (22 marzo 2014). L’obiettivo di questo restauro era quello di riportare il più possibile lo strumento nelle condizioni iniziali secondo il progetto di Elia Moroni; infatti, le molteplici manomissioni novecentesche non erano comunque state tanto radicali da impedirne il quasi completo recupero.
Dati tecnici:
Due tastiere di 61 tasti e Pedaliera di 19 tasti – Trasmissione Meccanica – Totale canne 2.305
Grande Organo e Pedale
Colonna di sinistra
Campanelli
Cornetto Primo Soprani
Cornetto Secondo Soprani
Fagotto Bassi
Tromba Soprani
Clarone Bassi
Corno Inglese
Tromba 16 Soprani
Violone 8 Bassi
Viola Bassi
Flutta Soprani
Corni Dolci
Ottavino militare
Flauto in Ottava bassi
Flauto in Ottava Soprani
Ottavino Profondo 4 Soprani
Flauto in Duodecima Soprani
Flagioletto Bassi
Voce Umana
Unione dei due organi
Colonna di Destra
Principale 16 Bassi
Principale 16 Soprani
Principale Primo 8 Bassi
Principale Primo 8 Soprani
Principale Secondo Bassi
Principale Secondo Soprani
Ottava Bassi
Ottava Soprani
Duodecima
Quintadecima
Decimanona
Vigesimaseconda
Due di Ripieno
Due di Ripieno
Due di Ripieno
Sette di Ripieno al Pedale
Contrabbassi e rinforzi pedale
Bombarda 12
Tasto al pedale
Terzamano
Organo in Eco (dal Do2)
Principale Bassi
Principale Soprani
Ottava Bassi
Ottava Soprani
Duodecima
Quintadecima
Due di Ripieno
Due di Ripieno
Cornetta Soprani
Viola Bassi
Flutta in Selva Soprani
Ottavino
Violoncello
Arpone Bassi
Voce Umana